Struktur organisasi Lembaga Penjaminan Mutu terdiri dari Ketua, Sekretaris, Pusat; dan Subbagian Tata Usaha.

1. Ketua LPM mempunyai tugas membangun sistem penjaminan mutu internal Universitas berdasarkan kebijakan Ketua Sekolah Tinggi.

2. Sekretaris mempunyai tugas memberikan dukungan administrasi, evaluasi, dan pelaporan sesuai dengan kebijakan Ketua Lembaga.

3. Pusat terdiri atas ; Pusat Pengembangan Standar Mutu; Pusat Audit dan Pengendalian Mutu; dan Pusat Pendampingan dan Pengembangan Mutu Mahasiswa

Pusat Pengembangan Standar Mutu mempunyai tugas melaksanakan pengembangan standar mutu akademik. Pusat Audit dan Pengendalian Mutu Akademik mempunyai tugas melaksanakan audit dan pengendalian mutu akademik. Pusat Pendampingan dan Pengembangan Mutu Mahasiswa mempunyai tugas melaksanakan pendampingan dan pengembangan mutu akademik mahasiswa. Pusat dipimpin oleh Kepala yang diangkat oleh Rektor dan bertanggung jawab kepada Ketua Lembaga